29.04.2020 13:16
Neue Marburger Datenbank hilft im Kampf gegen Corona-Pandemie
Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler auf der ganzen Welt befassen sich derzeit mit einem zentralen Thema – der Suche nach einem Medikament gegen das Virus SARS-CoV-2. Dabei werden die Forschungsteams ab sofort durch eine neue Datenbank unterstützt, die am Fachbereich Mathematik und Informatik der Philipps-Universität Marburg entwickelt wurde: Die Datenbank CORDITE (CORona Drug InTEractions database) bündelt zentrale Forschungsdaten zu SARS-CoV-2 und bietet damit eine wichtige Hilfestellung für die Arzneimittelentwicklung.
Bevor ein neuer Wirkstoff eingesetzt werden kann, muss dieser zunächst in Simulationen identifiziert und in zellbasierten Verfahren untersucht werden. Dabei werden potenzielle Zielstrukturen und Andockstellen auf Zellen, sogenannte Targets, analysiert. „CORDITE bündelt Daten aus über 230 Publikationen und mehr als 240 klinischen Studien weltweit. Das sind Daten zu fast 600 Arzneimittelinteraktionen für 20 Targets und für mehr als 450 Medikamente – damit ist sie derzeit die größte kuratierte Datenbank für potentielle Medikamente für SARS-CoV-2“, sagt Prof. Dr. Dominik Heider, Leiter der Arbeitsgruppe Data Science in der Biomedizin am Fachbereich Mathematik und Informatik der Philipps-Universität, die CORDITE entwickelte.
CORDITE bündelt automatisch Informationen über rechnergestützte, in vitro- oder Fallstudien zu potenziellen Medikamenten für die Bekämpfung von SARS-CoV-2 bzw. COVID 19 der Fachdatenbanken PubMed, bioRxiv, chemRxiv und medRxiv – neben Originalarbeiten auch Übersichtsarbeiten und Kommentare. Darüber hinaus werden auch registrierte klinische Studien des National Institutes for Health (NIH) gelistet. Nutzerinnen und Nutzer können auf relevante Daten zugreifen, nach verschiedenen Kriterien sortieren und herunterladen. „So können Forscherinnen und Forscher Meta-Analysen durchführen, neue klinische Studien entwerfen oder sogar eine kuratierte Literatursuche durchführen. Auch die Integration in andere Software oder Apps ist möglich“, sagt Heider. Die Informationen aus den Artikeln und Preprints werden von Moderatorinnen und Moderatoren der Arbeitsgruppe manuell kuratiert.
Plötzlich gesund
Fortschreitende Naturerkenntnis, ganz allgemein gesprochen, ‘Wissenschaft’, ist der stärkste Feind des medizinischen Wunders. Was unseren Vorfahren als Wunder erschien, was einfache Naturvölker heute noch in heftige Erregung versetzt, das berührt den zivilisierten Menschen längst nicht mehr.
Doch es gibt einen Gegensatz, der jedem Denkenden sofort auffällt: der unerhörte, durchaus nicht abgeschlossene Aufstieg der wissenschaftlichen Heilkunde und die ebenso unerhörte Zunahme der Laienbehandlung und der Kurpfuscherei. Man schätzt die Zahl der Menschen, die der Schulmedizin kein Vertrauen schenken, auf immerhin 50 Prozent.
Wie kann es sein, daß Laienbehandler und Kurpfuscher immer wieder spektakuläre Erfolge aufweisen, von denen die Sensationspresse berichtet?
Der Autor geht dieser Frage nach und kommt zu interessanten Erkenntnissen, aus denen er Vorschläge für eine bessere Krankenbehandlung durch seine ärztlichen Standesgenossen ableitet.
Arbeitsgruppe Data Science in der Biomedizin
Hauptaugenmerk der Arbeitsgruppe Data Science in der Biomedizin am Fachbereich Mathematik und Informatik der Philipps-Universität liegt auf der Entwicklung von Computerlösungen aus dem Bereich der Datenwissenschaft zur Lösung biomedizinischer Probleme, zum Beispiel Algorithmen für maschinelles Lernen zur Vorhersage der Arzneimittelresistenz von Krankheitserregern oder zur Modellierung von Krankheiten.
Weitere Informationen:
Der Zugriff auf CORDITE erfolgt über https://cordite.mathematik.uni-marburg.de.
Wissenschaftliche Ansprechpartner:
Prof. Dr. Dominik Heider
Leiter Arbeitsgruppe Data Science in der Biomedizin
Fachbereich Mathematik und Informatik
Philipps-Universität Marburg
Tel.: 06421 28-21579
E-Mail: heiderd@informatik.uni-marburg.de
Merkmale dieser Pressemitteilung:
Journalisten
Informationstechnik, Mathematik, Medizin
überregional
Forschungsergebnisse, Forschungsprojekte
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